长崎潜伏：总旗陈申化名陈璘，以药材商身份在长崎潜伏15年，提前半年获取丰臣秀吉征朝计划。

釜山预警：通过朝鲜东莱府使郑拨的侍从（锦衣卫暗桩），在日军登陆釜山前三日飞鸽传书辽东。

战略误导：散播虚假情报称明军主力集结于山海关，致使日军先锋小西行长部孤军深入平壤。

铁原火药库爆破：1593年，百户许仪率12名精锐，伪装成倭军浪人混入铁原城，利用日军“二十八日夜换防”的漏洞，用改良版“神火飞鸦”焚毁存储的6000斤火药，使日军在平壤战役中火炮哑火率达40%。

釜山港沉船行动：1597年，试百户赵士祯（火器专家）设计“水底龙王炮”，由锦衣卫蛙人潜至日军战船底部固定，在丁酉再乱时引爆，击沉安宅船23艘，延缓日军二次北进达半月。

泗川刺杀事件：1598年，小旗官韩烈乔装僧侣，在泗川倭城毒杀日军名将岛津义弘的军师桦山久高，导致岛津部在露梁海战中指挥混乱。

仿制倭铳：缴获日军铁炮（火绳枪）后，锦衣卫匠作司在三个月内仿制出“迅雷铳”，改进闭气装置使射程达八十步，超越原版30%。

密码编译：镇抚使刘綎发明“五行替换密码”，将日军“八幡船旗语”转译为明军指令，成功破译蔚山倭城求援信，促成中朝联军围点打援。

医疗革新：随军锦衣卫医官发明“金疮铁扇散”，用铁粉、扇贝粉混合止血，使明军伤兵感染率从58%降至19%，朝鲜《乱中日记》称此药“敷之立愈”。

假情报攻势：在汉城散布“丰臣秀吉病死”谣言，致使加藤清正与小西行长内讧，日军撤退时出现“争船蹈海”惨剧。

气象战运用：钦天监出身的锦衣卫，准确预测1597年九月大潮期，引导明军水师在鸣梁海峡利用潮汐设伏。

文化攻心：印制日文版《大明律》投送倭营，强调“弃械归国者免罪”，导致岛津部300余足轻携械逃亡。